南海研究院是教育部支持、工信部批准同意、海南省教育厅及三亚市政府、招商海南合作共建，作为哈尔滨工程大学的教学科研单位，在学校批准和授权范围内，南海研究院代表学校在海南省承担人才培养、科技创新与成果转化、社会服务以及国际合作交流等任务。

南海研究院坚持“国家（海南）所需，学校所强”，立足三亚，辐射南海，瞄准海南自贸港建设需求，充分融合海南和学校优势，重点围绕南海维权装备技术、深远海信息技术、深远海能源和资源开发装备技术、海洋生态保护与海洋旅游装备技术等方向，开展深远海装备技术创新应用，开展深远海领域科技自主科技创新，推动高水平国际合作，培养深远海领域高层次人才，为海洋强国建设、海南自贸港建设和三亚经济社会发展贡献力量。